Comme tous les êtres vivants connus, les oiseaux ont fait l'objet depuis longtemps de dénominations populaires dont beaucoup ont une origine fort ancienne. Le savant suédois Linné (1707- 1758) a établi une nomenclature scientifique en latin toujours en cours à l'heure actuelle de façon universelle, après quelques modifications.
Son système adopté dans toutes les langues est d'ordre binominal : un substantif plus un adjectif. Exemples : le Gobemouche noir, la Fauvette babillarde, la Grive musicienne, le Flamand rose. L'adjectif est quelques fois remplacé par une locution adjective : le Merle à plastron, l'Hirondelle de fenêtre, la Tourterelle des bois etc. Le substantif précise le genre (oiseaux très voisins, comme les corvidés) et l'adjectif l'espèce (oiseaux féconds entre eux, comme, les corbeaux freux)
Certaines appellations sont inadaptées, en particulier dans les langues vernaculaires. L'huitrier- pie est incapable d'ouvrir des huîtres, la Fauvette des jardins ne s'observe que très rarement dans un jardin.
Suite au progrès des connaissances, des appellations ont été modifiées : la Mésange à moustache est devenue la Panure à moustaches, car les scientifiques se sont aperçus que cette espèce avait des affinités différentes des mésanges. De même, les Poules d'eau ont été " rebaptisés " Gallinule d'eau, son nom scientifique étant Gallinula chloropus. Gallinula signifie poule en latin. Chloropus est une épithète composée tirée du grec rappelant la couleur verte des " pieds " ou pattes.
Le qualificatif domestique pour nos moineaux ne se justifie pas, car bien qu'inféodés aux habitations humaines et très familiers, ils restent libres et combien indépendants.
Les Roitelets huppés du latin Regulus regulus outre qu'ils sont les plus petits passereaux d'Europe, représentaient dans la culture celtique les druides des oiseaux. Ce terme de petit roi n'est donc pas péjoratif. Touchant l'Etourneau sansonnet, l'épithète est un diminutif de Samson, dont l'explication est problématique. On a supposé qu'il s'agissait d'une déformation de chansonnet qui faisait allusion aux émissions sonores variées et abondantes de cet oiseau. Le substantif qui compose le nom des Grues cendrées est une onomatopée du cri de l'oiseau ; il en de même en italien Gru et espagnol Grulla.
Le qualificatif torchepot de la sitelle ainsi dénommée est imputable au fait qu'elle a pour habitude de maçonner l'entrée des cavités d'arbres où elle fait son nid avec un torchis réalisé avec sa salive et de la boue ; ceci, pour ramener le trou d'envol à la seule dimensions qui lui est nécessaire.
Les avancées de la génétique et les études d'ADN pourraient remettre en cause la systématique en vigueur et placée sous la responsabilité internationale du Département de zoologie de l'union des sciences biologiques (UISB) Mais, outre que la classification scientifique actuelle reste assez cohérente, sa modification en profondeur bouleverserait forcément les appellations bien ancrées dans les langues usuels, ce qui aussi peu souhaitable que réalisable. Les dénominations actuelles, avec quelques retouches, continueront donc encore à faire loi durablement.