Comme son nom l'indique, ce phragmite apprécie les massifs de joncs. Cependant, il est bien à l'aise dans toute végétation dense qui borde les marais, les étangs et le cours d'eau : les roseaux, les laiches, les scirpes, les massettes, les graminées aquatiques, voire les buissons des marécages, comme les saules. Aussi fait-il partie des espèces dites paludicoles à l'instar de la Rousserolle turdoïde, de la Rousserolle effarvatte et du Bruant des roseaux, tous bien présents en Lorraine dans ces milieux humides.
Au printemps, leurs chants sonores résonnent de concert en périphérie des plans d'eau. Les phragmites sont les premières à se faire entendre. Les mâles revendiquent un territoire exclusif au couple, en faisant même preuve d'agressivité non seulement envers leurs congénères, mais aussi durant toute la période de reproduction vis-à-vis des Rousserolles effarvattes.
De prime abord, ces dernières peuvent être confondues avec les phragmites tant par le plumage que par le chant. Vu de loin ou vite, ces deux oiseaux paraissent avoir une robe terreuse similaire sans marque spectaculaire. De même, leurs émissions sonores ont quelques ressemblances avec des sons râpeux et " grattant ".
Les connaisseurs notent que le chant des phragmites est bien plus varié, musical et riche en imitations que chez les effarvattes. Celles-ci, de retour plus tardivement de leurs quartiers d'hiver, ne prêtent pas à confusion à cet égard pendant quelque temps.
Les différences de livrée entre ces deux espèces deviennent bien apparentes lorsqu'on a l'occasion de les observer de plus près, grâce à des jumelles en particulier, et en faisant preuve de patience. Ces oiseaux évoluent en effet le plus souvent à l'abri de la végétation. Cependant pour chanter, les mâles, de phragmites surtout, ont tendance à se percher un instant dans le haut d'un roseau ou d'un jonc gravi en spirale, voire dans celui d'un buisson. Quelquefois, les phragmites s'élèvent de quelques mètres en l'air toujours en chantant, puis redescendent ailes et queue déployées " en parachute " pour se reposer sur un perchoir.
Les marques les plus distinctives du Phragmite des joncs sont constituées par un sourcil blanc crème bien net, le dessus fortement rayé et une calotte striée. Ces caractères sont absents chez la Rousserolle effarvatte au plumage à teintes très unies. D'autres petites particularités les distinguent, mais elles ne sont à la portée que d'observateurs bien avertis.
Tôt venus au printemps, les phragmites repartent tôt. Fin juillet et en août, c'est déjà le grand départ pour l'Afrique par un long périple. Il a été constaté que des oiseaux nichant au Pays-Bas ont rejoint le Mali (4200 km) en 24 jours.
De plus en plus, dans leurs territoires d'hivernage, ils pâtissent des fréquentes et vastes sécheresses, de même qu'en Europe, la diminution des zones humides propices et leur gestion privilégiant l'éradication de la végétation palustre, contribuent au déclin des effectifs de cette espèce en maints pays et endroits. Au contraire de l'Alsace, ce n'est pas encore le cas de la Lorraine.